湖州商人范某携带妻儿催舟向姑苏城驶去，不料途中遭劫杀，抢走了赤金莲花杯，范的儿子范菊庵和船家小女杏妹被推入水中。菊庵凭借破船漂上岸，寻到了岳父家，侯鸣鹄一家将他收留。莲花杯落入凶残的知府虞维明的手中，当他得知菊庵仍活着，欲将其杀死，于是侯家夫妇被杀，他们的女儿梦卿被桔灯老人所救。10年后，梦卿得桔灯真传，练就了“水上飞”的高强武功，誓要为范、侯两家报仇。菊庵则在出逃后，改名陆天荣，经过苦读，金榜题名，任吴江知县，他希望梦卿能归顺朝廷，致使梦对他彻底失望。梦与雪园等人亲手报了家仇，远走他乡。而陆则万念俱灰，

该剧主要讲述北宋年间，天玑府由凤南天为首，率领一班精英专责处理全国奇案的故事，该机构权力凌驾各衙门甚至六部之上。都尉朱长胜智勇双全深受凤南天重用，但某次一宗劫案令师徒分道扬镳。朱长胜带着妻子桃花绝迹江湖近十年，直至案情告一段落，凤南天也年事已高，校尉马川芎、牛大力和杨卯才奉命急召朱长胜归队，四人连手屡破奇案。