《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，

方翔与皮大司同时是特警行动组组员，但两人性格各异。方翔对美女，金钱均来者不拒，但皮却十分老实，因此二人常起冲突。只是，两人都只是心和，面不和。方翔有一童年好友阿杰，杰为一黑道中人，二人经常互相照应，一向利。后来，二人同时爱上雯倩，但雯倩心中却只倾慕杰。在一次追捕行动中，雯倩被捉住作人质，方与杰连忙到场欲拯救雯倩。谁知，这时雯倩吐出对杰的爱意，方误会杰原一直利用雯倩来欺骗他。这时候，友情及兄弟情的结，正纠缠不清，不知如何解开。

市委书记突然被杀，杀手沈洋又被人追杀灭口；走投无路的沈洋制造了轰动一时的劫机事件，刑警队重案 A组组长江楠奉命乔装医生，经过殊死搏斗，致劫犯一死一伤；苏醒后的沈洋刚对江楠供出幕后指使，却在严密监控下神秘被杀。公安内部出现内奸，谁是卧底？江楠奉命拘捕钱龙，却因没有直接证据被迫释放钱龙；江楠接到神秘电话紧急行动，却刹车失灵，致使车辆翻至沟底……

时尚公司THE ONE设计组组长河宁恩是一个冷静干练和现实主义的女强人，觉得男人只是刺激自己给予紧张情绪的东西，并不会认真看待感情且认真付出一切。而当她遇到深受业界欢迎的自由摄影师尹宰国后，与其发生了一段浪漫的姐弟恋邂逅。

调查局机动组组长方国辉为人干练嫉恶如仇，与手下对周朝先经营的电玩场进行监拍时，拿到其经营地下赌场的证据，将其告上法庭，岂料法官被收买，周朝先被判无罪当庭释放。与黑金挂勾的侯部长暗中施压，调查局勒令方国辉休假，停止对周朝先的调查。周朝先为进一步控制台湾的政治，在记者会上公开声明要退党参选立法委员，欲与代表党竞选的黑帮老大丁宗树对着干。方国辉沮丧之际，得电视台女记者凌飞和法务部冯部长...